Nöral terapi migren atağının pato-fizyolojisi ve nedenlerine farklı bir yaklaşımla açıklama getirebilmektedir. Migren tanı olarak baş ağrısı sınıflamasında yer alsa da temelinde otonom sinir sistemi disfonksiyonudur (çalışmasının aksaması). Migren atağı sırasında oluşan baş ağrısı yanısıra nörolojik bulgular ve gastrointestinal sistem bulgularına otonom sinir sistemindeki geçici aksama sebep olmaktadır. Bu nedenle tahlil ve filmlerle saptanamayan bir hastalıktır. Otonom sinir sisteminin temel iki fonksiyonu olan damar kontrolü ve barsak hareketlerinin kontrolü atak sırasında geçici olarak aksamaktadır. Barsaklardaki yavaşlama bulantı ve kusmaya yol açmaktadır. En önemlisi damar kontrolünün bozulması sonucu damarlarda vazokontrüksiyon (büzülme) başlangıçtaki hafif ağrı ve nörolojik aura bulgularına sebebiyet vermektedir. İkinci aşamadaki damarlardaki vazodilatasyon (aşırı genişleme) zonklayıcı ağrı ve ödeme yol açmaktadır.  Atak bitiminde sistem düzelmekte ve hasta normal hayatına dönmektedir.                           

Nöral terapi otonom sinir sistemi regülasyonu (düzenlemesi) yapmaktadır. Migrende olan otonom sinir sistemi disfonksiyonunu da rahatlıkla düzeltmekte ve etkili tedavi sağlamaktadır. İlaçların kimyasal etkileri ile sinir sistemindeki bioelektriksel bozukluk düzeltilememektedir. Sadece entegratif tıp uygulamaları otonom sinir sistemine yani vücut iletişim ağına etkili olabilmektedir. 

Migren hastasında otonom sinir sisteminde epizodik (ataklar halinde) olarak aksama yaratacak bir veya birkaç odak vardır. Bozucu alan (interference field) olarak adlandırılan bu odaklar tetikleyici faktörlerin kolaylaştırıcı etkisi ile zaman zaman sistemin aksamasına yol açmaktadır.

 Bozucu alan yaklaşımını tıp uygulamalarına kazandırmış olan nöral terapide hastaya özgü bu alanlar saptanır ve tedavide kullanılan kısa etkili lokal anesteziğin hiperpolarize edici (bioelektriksel düzenleyici) etkisi ile odak susturulur. Bioelektiriksel olarak stabilize olan odaktan bir daha sistemi altüst edebilecek uyarım oluşmaz. 

Migren tedavisinde nöral terapi uygulayan hekim bozucu alanları hastasında dikkatli bir şekilde tespit edip, aşamalı olarak elimine etmelidir. Tüm bozucu alanlar düzeltilirse, tüm migren hastalarında başarılı bir tedavi sağlanır.